酒波神社の歴史は古く、1200年以上前から既に多くの人から愛され、祀られていたようです。

美濃国神明帳という平安時代の国の帳簿に正一位として記載されている古くて格式の高い神社です。永禄元年（１５５８年）に火災に遭い、翌年再興、その時植えた杉、桧などが大樹老樹となって森厳な杜をつくっています。また古くから日吉全体のお宮（惣社・郷社）として人々の崇敬を集めてきました。

本殿（痛みはあるが、木材と彩色の残りがよい。幕股の彫刻に特色がみられ、全体として価値が高い）・鐘楼（鐘楼の残る神社は少なく、建築技法が高度で、本殿と異なる特色を持つ）は、平成２５年（２０１３年）６月２１日、国指定登録有形文化財となっています。